２０２５年大阪・関西万博では、６月３日に採取されたウォータープラザの海水から基準値を超えるレジオネラ属菌が検出され、翌４日夜から水上ショーが中止された。同日には入場ゲートでＱＲコードの読み取り不具合も発生し、約 ３０分間来場者の入場が滞った。加えて、アンゴラ館は開幕以降休館が続き、大阪府は建設に関わった無許可業者の存在を把握し、建設業法違反の疑いで調査を進めている。また、アンゴラ館を含む複数の海外パビリオンで、下請け業者への工事費未払いが判明し、工事の遅延や中断が問題となっている。
協会は来場者１８００万人の目標を維持する方針で、運営の混乱是正と信頼回復が強く求められている。